Το Ναυτικό Μουσείο της Σαντορίνης ιδρύθηκε το 1956 και στεγάζεται σε ένα διώροφο καπετανόσπιτο που έχει αποκατασταθεί στην αρχική του μορφή. Τα εκθέματα περιλαμβάνουν ναυτικούς χάρτες, ημερολόγια πλοίων, ναυτικά εξαρτήματα (έξαντες, πυξίδες, άγκυρες, κτλ) κασέλες με ναυτικά θέματα και εργαλεία από τα δύο καρνάγια της Σαντορίνης. Ανάμεσα στα εργαλεία ξεχωρίζουν ένα χειροκίνητο τρυπάνι και ένας μεγάλος άριστα συντηρημένος ποδοκίνητος τόρνος. Στον όροφο φιλοξενούνται εξαρτήματα ιστιοφόρων, ομοιώματα πλοίων, συλλογή υδατογραφιών και στολές / πορτρέτα Σαντορινιών πλοιάρχων.