Ιδρύθηκε στις αρχές του 20ου αιώνα για να φιλοξενήσει τα πλούσια ευρήματα που έφεραν στο φως οι ανασκαφές που ξεκίνησαν στην Σαντορίνη από το 1896, κυρίως από την αρχαία πόλη της Θήρας. Ο κυρίως εκθεσιακός χώρος είναι μια μεγάλη αίθουσα όπου εκτίθενται χρονολογικά τα ευρήματα από τον 8ο έως τον 4ο π.Χ. αιώνα. Η συλλογή περιλαμβάνει αξιόλογα αξιοθέατα όπως αγγεία με γεωμετρική διακόσμηση, έναν ανάγλυφο αρχαϊκό πύθο μεγάλου μεγέθους, πήλινα ειδώλια, έργα κεραμικής τέχνης, και άλλα. Ξεχωρίσει η άριστα διατηρημένη μαρμάρινη δαιδαλική κόρη ύψους 2,30 μ. και βάρους 750 κιλών που βρέθηκε στη θέση Σελλάδα. Τηλέφωνο 22860 22217.