Οι βάθρες, για τις οποίες η Σαμοθράκη φημίζεται, είναι μικρές λίμνες που σχηματίζουν οι χείμαρροι σε διάφορες κοιλότητες του βουνού. Η διαδρομή είναι πανέμορφη με πλούσια βλάστηση ενώ στις βάθρες μπορείτε να κάνετε και μια δροσερή βουτιά. Η πρώτη βάθρα που θα συναντήσετε μετά από 10 λεπτά περπάτημα είναι η λεγόμενη Γριά Βάθρα και είναι η πιο εύκολα προσβάσιμη, καθώς από εκεί και πέρα το μονοπάτι δυσκολεύει. Μια από τις πιο γνωστές υδάτινες αρτηρίες της περιοχής είναι το ρέμα του Φονιά, στις εκβολές του οποίου στα βόρεια παράλια, βρίσκεται ο ομώνυμος μεσαιωνικός πύργος. Ο δρόμος για τις βάθρες ξεκινάει από τα Θέρμα.