Ιδρύθηκε στην Νάξο το 1966 και είναι ένα από τα μεγαλύτερα μουσεία του είδους του στην Ελλάδα. Εδώ εκτίθενται περισσότερα από 2000 ορυκτά, πετρώματα, απολιθώματα, κτλ από ολόκληρο τον κόσμο. Μπορείτε να δείτε ακόμα και ηφαιστειογενή πετρώματα από τον Βεζούβιο, πολύτιμα ορυκτά από την Βραζιλία και θραύσματα μετεωριτών. Το τμήμα με τα απολιθώματα διαθέτει μερικά πολύ σπάνια ευρήματα από την Ελλάδα αλλά και από όλον τον κόσμο. Βρίσκεται στο ορεινό χωριό Απέραθος.