Το μουσείο αυτό δημιουργήθηκε πρόσφατα στην Μύκονο, το 1983, και στεγάζεται σε ένα παραδοσιακό Κυκλαδίτικο κτήριο του 19ου αιώνα, ενώ υπέστη ολική ανακαίνιση το 2024. Θεωρείται ένα από τα ομορφότερα του είδους του στην Ελλάδα. Διαθέτει μία ενδιαφέρουσα συλλογή από όργανα, χάρτες και νομίσματα. Το εντυπωσιακότερο μέρος είναι η συλλογή των μοντέλων πλοίων από την περίοδο της προϊστορικής εποχής μέχρι και τον 20ο αιώνα. Το Ναυτικό Μουσείο Αιγαίου λειτουργεί καθημερινά (πλην Δευτέρας) 10:00-13:00 & 18:00-21:00.