Στην Αστυπάλαια υπάρχουν δύο σπήλαια που παρουσιάζουν μεγάλο ενδιαφέρον ενώ σύμφωνα με την τοπική παράδοση αποτελούσαν κρησφύγετο πειρατών και των θησαυρών τους. Το Σπήλαιο του Νέγρου βρίσκεται στην παραλία Βάτσες και το Σπήλαιο του Δράκου με τους εντυπωσιακούς σταλακτίτες και σταλαγμίτες βρίσκεται στην βορειοανατολική Αστυπάλαια.