Το Εκκλησιαστικό Μουσείο στεγάζεται σε ένα διώροφο κτήριο σε ένα από τα στενάκια της Χώρας της Αμοργού. Διαθέτει ενδιαφέρουσα συλλογή με εικόνες, βιβλία, ενδύματα και άλλα. Είναι ανοικτά μεταξύ 9:00-13:00 και 17:00-20:00, πλην Δευτέρας.