Στον Άγιο Ευστράτιο υπάρχουν πολλές θαλάσσιες σπηλιές. Οι πιο γνωστές είναι η Τρύπια Σπηλιά κοντά στο λιμάνι όπου μπορείτε να μπείτε με την βάρκα από την μια μεριά και να βγείτε από την άλλη. Η δεύτερη σπηλιά είναι η σπηλιά της Φώκιας, στην περιοχή Δασκαλιό, που λέγεται έτσι από τις φώκιες που κατοικούν εδώ, όπως και σε άλλες σπηλιές.