Το μουσείο βρίσκεται στα Φηρά και στεγάζει τα προϊστορικά ευρήματα της Θήρας. Στον δεύτερο όροφο θα δείτε ευρήματα από το Ακρωτήρι και άλλες τοποθεσίες της Σαντορίνης που χρονολογούνται από την νεότερη νεολιθική περίοδο (5η χιλιετία π.Χ.) μέχρι τον 17ο π.Χ. αιώνα. Ξεχωρίζει η περίφημη τοιχογραφία του 17ου αιώνα π.Χ. με τους πιθήκους και ένα μοναδικό εύρημα: ένα χρυσό ειδώλιο αιγαγρου στην τελευταία προθήκη του μουσείου.