Εγκαινιάστηκε το 2001 και έκτοτε στεγάζεται στο κτήριο της Γενναδείου Εστίας στο Μανδράκι. Την συλλογή του αποτελούν αγγεία, επιτύμβιες στήλες, γλυπτά και αρχιτεκτονικά μέλη κυρίως από τους ελληνιστικούς και ρωμαϊκούς χρόνους. Στο πίσω μέρος του Δημαρχείου λειτουργεί η υπαίθρια Συλλογή Αρχαίων Αντικειμένων με δείγματα πλαστικής τέχνης που βρέθηκαν σε διάφορα σημεία της Νισύρου.